原付バイクを自転車駐車場に止めたら違反?
という話を聞きました。

これは法律で明確に定められているわけではないようです。
駐輪場に「自転車専用駐輪場」と明記してあれば
これは自転車のみが駐輪できる場所ですから原付を止めてはいけません。
駅前の場合には別途二輪車が止められる駐輪場があるはずです。
料金も違うと思いますんで、そちらに止めるようにしましょう。
原付は自転車とは幅が違いますから、駐輪場に止められると迷惑がかかります。

小さなスーパーなど、駐輪場が分かれておらず
明確に自転車専用という記述がなければ駐車違反に問われることはないでしょう。
駐車する場合には、そこが大丈夫な場所なのかきちんと確認するようにしましょう。