50cc未満の原付を原付二種として登録することは出来ません。
原付二種は50cc以上125cc未満となっていますから、
そのままでは二種登録できません。
二種として登録するためには排気量を50cc以上125cc未満まで
あげなければなりません。
これは単純にエンジンを積みかえれば話は早いのですが、
それではお金がかかってしまうためボアアップという方法で
排気量を上げることが出来ます。
これはシリンダー内径を広げることによってピストン径を
広げることに繋がり結果として排気量があがると言う仕組みです。
自分でやる場合はボアアップキットが1万円程度で売っているので、
それを使えばいいでしょう。
バイクに詳しくない人はショップに依頼したほうがいいです。
その場合は5万円以上はかかると思ってください。
その代り整備証明書ももらえますので原付二種登録がスムーズになります。